يبلغ عدد اللاجئين فى السودان أكثر من 2,000,000 ( إثنين مليون) لاجئ من دول الجوار وغيرها حيث يتم توفير الحماية والحياة الكريمة لهم ممثلة فى بسط الأمن والإيواء والسكن والغذاء وجميع الخدمات الضرورية من المياه والصحة والتعليم وفرص العمل والرعاية الاجتماعية والتدريب والتأهيل ويتعامل معهم وفق الاتفاقيات والمواثيق والمعاهدات الدولية والإقليمية الضابطة لأوضاع اللاجئين، وبما أن اللاجئين حسب الظروف التى تكتنفهم يعتبرون من الشرائح الضعيفة التى فقدت حقوقها الإنسانية وكل ضروريات الحياة فإن المجتمع الدولى تحت مظلة المفوضية السامية لشئون اللاجئين وبالتنسيق مع معتمدية اللاجئين الذراع الوطنى يقدمان الخدمات على استقرارهم ولم شملهم وتوفير كل الحاجيات الإنسانية الضرورية والخدمية وتأهيلهم اجتماعياً ووضع الحلول المناسبة والدائمة لمأساتهم عبر العودة الطوعية إلى أوطانهم بعد تأهيل مناطقهم أو التوطين فى بلد ثالث، علماً بأن سياسة الدولة لا تحبذ إدماج اللاجئين فى المجتمع المحلى.
إن إدارة المساعدات هدفاً محورياً للمانحين والمنظمات العاملة فى هذا المجال ومعتمدية اللاجئين والمفوضية السامية للاجئين وهذا يلقى عبئاً ثقيلاً على المعتمدية لبلوغ الغايات والأهداف القومية والتنفيذ والإشراف على خطط وبرامج المناطق المتأثرة بوجود اللاجئين وضبط حركة اللاجئين بالإشراف على البرامج الخاصة بهم حيث يقتضى تنفيذها الكثير من الإجراءات السياسية والأمنية ولهذا كان الحرص على تولى المعتمدية الإشراف والتنسيق مع الأطراف الأخرى ومن ثم التنفيذ لبرامج المساعدات وفق سياسات وسيادة الوطن والتأكيد على وجود إدارة وطنية متخصصة تعنى بتنفيذ التزامات البلاد الدولية والإقليمية والمحلية تجاه اللاجئين وتجاه مواطنيها.

التعليم

تقوم المنظمات وفقا لشراكة ثلاثية بين معتمدية اللاجئين والمفوضية السامية لشئون اللاجئين و المنظمة المنفذة وتحت الاشراف المباشر لوزارة التربية والتعليم حيث يتم تطبيق السياسات التعليمية لوزارة التربية والتعليم كربط مدارس اللاجئين بالمناهج التعليمية بالوزارة وكذلك الاشراف على إختيار المعلمين المتطوعين وتدريبهم المواد وطرق التدريس كما تقوم المنظمات بتوفير مستحقات المعلمين المتطوعين والعاملين ومنصرفات الاشراف والمتابعة بواسطة الوزارة وتوفير الزي المدرسي والكتب والأدوات المدرسية وكذلك تشييد مباني المدارس وصيانتها الدورية ودفع رسوم الامتحانات للطلاب.

سبل كسب العيش

تعمل معتمدية اللاجئين والمفوضية السامية لشئون اللاجئين والشركاء من المنظمات الدولية لنقل اللاجئين من من مرحلة الطؤاري والاغاثات والاعانات لبرامج التنمية المستدامة والاكتفاء الذاتي وذلك عبر مشاريع توليد الدخل وبناء القدرات هذا بالإضافة للعديد من السياسات والتسهيلات التي قامت بها المعتمدية كالسماح للاجئين بالسكن بالقرب من المشاريع الزراعية لممارسة الزراعة المشاركةفي حصاد المحاصيل هذا بالإضافة لحرية العمل والحركة والتنقل.

البيئة والطاقة البديلة

تعمل معتمدية اللاجئين على الاهتمام بحماية البئية حيث قامت المفوضية السامية بتمويل هيئة الغابات القومية في كل من ولايات شرق السودان وولاية النيل الأبيض وولايات دارفور لإعادة تاهيل الغابات وذلك بإعادة زراعة الأشجار الغابية ومكافحة القطع الجائر للاشجاروذلك بإيجاد الطاقة البديلةللحطب والفحم وصنع وتوزيع المواقد المحسنة وتوعية المجتمعات بأهمية الغابات.

الحماية القانونية

الاهتمام بتسجيل وحصر اللاجئين واستخراج الأوراق الثبوتية لهم وذلك لتقنين أوضاعهم وتقديم المساعدات لهم.

الصحة

تقوم المنظمات وفقا لشراكة ثلاثية بين معتمدية اللاجئين والمفوضية السامية لشئون اللاجئين و المنظمة المنفذة وتحت الإشراف المباشر لوزارة الصحة بتقديم الخدمات الصحية للمرضى حيث يتضمن ذلك الكشف الطبي والفحوصات وتقديم العلاج وفي الحالات الحرجة يتم تحويل المرضى لاقرب مستشفى للمعسكر او المستشفى الكبير بالولاية او للمستشفيات المتخصصة حيث توجد عربات اسعاف خصصتها المفوضية السامية لشئون اللاجئين لعمليات تحويل المرضى.وتتكفل المفوضية السامية لشئون اللاجئين والمعتمدية بتكلفة كل منصرفات المريض الشخصية اثناء فترة التحويل من ترحيل وإعاشة وإقامة للمريض ومن يرافقه.

الماوئ والمواد الغير غذائية

تقوم معتمدية اللاجئين والمفوضية السامية لشئون اللاجئين بتوزيع المشمعات والخيم والاواني المنزلية للاجئين وذلك بعد التأكد من تسجيلهم.

التغذية

تقوم المنظمات وفقا لشراكة ثلاثية بين معتمدية اللاجئين والمفوضية السامية لشئون اللاجئين و المنظمة المنفذة وتحت الاشراف المباشر لوزارة الصحة بتقديم برامج التغذية والتحصين للأطفال اقل من عمر خمس سنوات وفقا لمواصفات وزارة الصحة وكذلك بدعم برامج الامومة والطفولة وبرامج الصحة الإنجابية.

الحماية القانونية

الاهتمام بتسجيل وحصر اللاجئين واستخراج الأوراق الثبوتية لهم وذلك لتقنين أوضاعهم وتقديم المساعدات لهم.

الصحة

تقوم المنظمات وفقا لشراكة ثلاثية بين معتمدية اللاجئين والمفوضية السامية لشئون اللاجئين و المنظمة المنفذة وتحت الإشراف المباشر لوزارة الصحة بتقديم الخدمات الصحية للمرضى حيث يتضمن ذلك الكشف الطبي والفحوصات وتقديم العلاج وفي الحالات الحرجة يتم تحويل المرضى لاقرب مستشفى للمعسكر او المستشفى الكبير بالولاية او للمستشفيات المتخصصة حيث توجد عربات اسعاف خصصتها المفوضية السامية لشئون اللاجئين لعمليات تحويل المرضى.وتتكفل المفوضية السامية لشئون اللاجئين والمعتمدية بتكلفة كل منصرفات المريض الشخصية اثناء فترة التحويل من ترحيل وإعاشة وإقامة للمريض ومن يرافقه.

الماوئ والمواد الغير غذائية

تقوم معتمدية اللاجئين والمفوضية السامية لشئون اللاجئين بتوزيع المشمعات والخيم والاواني المنزلية للاجئين وذلك بعد التأكد من تسجيلهم.

التغذية

تقوم المنظمات وفقا لشراكة ثلاثية بين معتمدية اللاجئين والمفوضية السامية لشئون اللاجئين و المنظمة المنفذة وتحت الاشراف المباشر لوزارة الصحة بتقديم برامج التغذية والتحصين للأطفال اقل من عمر خمس سنوات وفقا لمواصفات وزارة الصحة وكذلك بدعم برامج الامومة والطفولة وبرامج الصحة الإنجابية.

التعليم

تقوم المنظمات وفقا لشراكة ثلاثية بين معتمدية اللاجئين والمفوضية السامية لشئون اللاجئين و المنظمة المنفذة وتحت الاشراف المباشر لوزارة التربية والتعليم حيث يتم تطبيق السياسات التعليمية لوزارة التربية والتعليم كربط مدارس اللاجئين بالمناهج التعليمية بالوزارة وكذلك الاشراف على إختيار المعلمين المتطوعين وتدريبهم المواد وطرق التدريس كما تقوم المنظمات بتوفير مستحقات المعلمين المتطوعين والعاملين ومنصرفات الاشراف والمتابعة بواسطة الوزارة وتوفير الزي المدرسي والكتب والأدوات المدرسية وكذلك تشييد مباني المدارس وصيانتها الدورية ودفع رسوم الامتحانات للطلاب.

سبل كسب العيش

تعمل معتمدية اللاجئين والمفوضية السامية لشئون اللاجئين والشركاء من المنظمات الدولية لنقل اللاجئين من من مرحلة الطؤاري والاغاثات والاعانات لبرامج التنمية المستدامة والاكتفاء الذاتي وذلك عبر مشاريع توليد الدخل وبناء القدرات هذا بالإضافة للعديد من السياسات والتسهيلات التي قامت بها المعتمدية كالسماح للاجئين بالسكن بالقرب من المشاريع الزراعية لممارسة الزراعة المشاركةفي حصاد المحاصيل هذا بالإضافة لحرية العمل والحركة والتنقل.

البيئة والطاقة البديلة

تعمل معتمدية اللاجئين على الاهتمام بحماية البئية حيث قامت المفوضية السامية بتمويل هيئة الغابات القومية في كل من ولايات شرق السودان وولاية النيل الأبيض وولايات دارفور لإعادة تاهيل الغابات وذلك بإعادة زراعة الأشجار الغابية ومكافحة القطع الجائر للاشجاروذلك بإيجاد الطاقة البديلةللحطب والفحم وصنع وتوزيع المواقد المحسنة وتوعية المجتمعات بأهمية الغابات.